W oddychaniu aerobicznym dochodzi do zużycia tlenu, który nie jest potrzebny przy oddychaniu anaerobicznym.
Dodatkowo produktami oddychania aerobicznego będą H2O i CO2, które ze względu na brak tlenu nie powstaną w oddychaniu anaerobicznym. Zamiast tego na skutek fermentacji mleczanowej wydzieli się kwas mlekowy.
