Występowały przede wszystkim katolicyzm i prawosławie, a także judaizm. Wraz z reformacją, głownie w zachodniej części kraju pojawiły się ośrodki wyznania luterańskiego, kalwińskiego i husyckiego.
- 1570 - ugoda sandomierska - ugoda luteran, kalwinistów i braci czeskich w sprawie wspólnej obrony wyznań
- 1573 - akt konfederacji warszawskiej - wprowadzenie pokoju religijnego, zakaz prześladowań prawnych wyznawców innej wiary, gwarancja wolności religijnej
